Nesse artigo pretendo citar algumas alternativas para codificação de scripts php.
A idéia surgiu de uma dúvida em um fórum de discussão, sendo também assunto da primeira reunião do grupo de usuários de PHP de Bauru e região, onde realizei uma apresentação sobre o assunto.

Nessa primeira parte do artigo irei citar algumas ferramentas que existem, como elas funcionam (com direito a links) e pequenos detalhes. Em outros artigos (não sei quantos, nem quando) irei realizar comentários sobre essas ferramentas como vantagens, desvantagens, instalação entre outros.

Existem duas formas de proteção:
Obscurecedores (Obsfuscators)
- Obscurecer significa "embaralhar", "ocultar", "confundir" o código fonte.
- Também chamada de scrambled (cada nome "bonito"), é uma técnica que consiste em dificultar a interpretação do código fonte, como por exemplo a retirada de tabulações e a troca dos nomes de variáveis e/ou funções
Pode ser realizada manualmente ou com auxílio de ferramentas.

Manualmente:
Uma tarefa trabalhosa para ser realizada "no braço", é necessária muita técnica e experiência para tal façanha e o resultado pode demorar muito.
Por outro lado você tem um controle maior do que acontece, pode colocar comentários confusos, nomes de variáveis trocados entre si, criptografar todas mensagens utilizadas no seu script, além da mais fatal, uma lógica confusa.
Essa última é a mais comum, algumas vezes é involuntário, outras por simples discuido ou dificuldade de quem programou, mas esse é assunto para outro artigo.
Arriscar tal procedimento é vantajoso quando você sabe o que fazer, trocar nomes de variáveis e funções não é tão simples assim, tem que tomar cuidado com pequenos detalhes, sem contar que a técnica é muito mais do que isso, é algo como criptografia, existem milhões de formas de realizar, mas a melhor é uma forma que ninguém conheça o retorno.
Se o assunto lhe interessou, pesquise nos mecanismos de busca (recomendo o google) por scrambled, obsfucator, ou algo parecido e terá diversas referências.

Software:
Existem diversas ferramentas para facilitar o "embaralhamento" de seu programa, mas é necessário checar o resultado, pois problemas podem acontecer, principalmente se você for adepto de variáveis variáveis e outras funções de mesma natureza. Esses problemas estão documentados em cada ferramenta (pelo menos em teoria).
É uma forma rápida e fácil de codificar scripts em massa, e o resultado é animador.
Fica mais fácil começar um script do zero que tentar entender o que um script "mascarado" faz. Sem contar o lado psicológico que impressiona qualquer um, desmotivando a utilização de um script assim.

Mas tenha cuidado para não cair na própria armadilha, guarde sempre os originais, e os relatórios que essas ferramentas geram, podem ser úteis em uma emergência.
A maior vantagem de um obscurecedor é que você embaralha o código localmente, não exigindo a instalação de outros módulos no servidor. Sendo ideal para quem não tem acesso a tais configurações.
No servidor você pode subir somente os arquivos "scrambleados" (olha eu inventando palavras no português) que eles funcionarão normalmente, um bom teste antes de subir os arquivos evita maiores dores de cabeça.