Encoders (Codificadores)
Os encoders ou compiladores são geram arquivos de dois tipos:
Arquivo executável: Basicamente, sem entrar em termos técnicos ou aprofundar no assunto, gerar um executável é codificar seu programa para a linguagem nativa do computador, como um cgi escrito em linguagem c compilado.
Tudo bem, sei que vocês leitores não são ignorantes no assunto, mas tenho que citar se não me criticam dizendo que eu não falei :-D.
Sinceramente, não conheço até hoje uma ferramenta que realmente compile um script php para um código nativo, sem depender de qualquer outra ferramenta, se alguém souber me envie um email.


Código intermediário:
O código intermediário como o próprio nome diz, está entre o script e o arquivo compilado, você não pode "ler" (entender) como um script normal, mas ao mesmo tempo, não é um arquivo compilado, precisa de outra ferramenta para "interpretação".
Cada vez que o PHP roda um script ele gera esse código, limpando da memória quando o script é terminado. Algumas ferramentas interceptam esse processo e salvam em um arquivo esse código "compilado", permitindo uma forma de carregar esse arquivo diretamente, sem a necessidade do fonte.
Sim você está certo, é o principio de uma ferramenta de cache, sendo que a maioria das ferramentas que utilizam tal técnica são baseadas no APC (alternative php cache).

Outras ferramentas simplesmente cifram o código algo como uma criptografia, não são muito úteis pois com um debugger podemos conseguir o código de volta, pois em algum momento a cifragem tem que ser desfeita e a bola passada ao php, que irá interpretar o script, é nesse momento que você consegue o código limpinho (talvez sem tabulações, mas nenhuma mudança grave é realizada).

Como principal desvantagem podemos citar que essas ferramentas requerem módulos no servidor, o que nem sempre é acessível.