Comandos executados pelo PHP estão extremamente lentos

Eu tenho um comando que quando eu executo diretamente no MySQL ele é executado instantaneamente, mas quando eu executo através de um script PHP, ele levar muito tempo(+ 5 minutos) para ser executado.
O detalhe que isso só acontece com alguns comandos.. com a maioria são executados em tempo instantaneamente.

Os comandos lentos não tem nenhuma ligação entre eles.. tabelas diferentes.