Eu não faço a mínima idéia de como se cria, mas acredito que iria sair muito mais caro e demorado (licenciamentos, etc) do que você comprar um de alguma empresa especializada.
Recomendo a www.certisign.com.br

Não entendi o que quer dizer com criar.
Na verdade um certificado nada mais é que um comprovante de validade assinado por alguem. Se vc montar uma empresa certificadora que ninguem conhece, nao sera considerado segura.

Configurar um servico desses no linux nao é tao complicado. Mas apareceram warnings, alertas indicando que nao o certificado não é confiável.

Usar ssl em servidores também não sai tão caro.
Dê uma pesquisada na internet.
Boa sorte.
Alessander

Assim como amigo acima citou é possivel usar o do linux mas gera varios poup-up na tela e não da muita segurança, para ter o seu ssl é caro, mas varios host por dividir um ssl dele para com clientes tem preços bem em conta, compensa mais vc entrar em um desses host com ssl compartilhado a certificação é a mesma que se fosse um seu, a diferença é que fica em nome do seu host...

Assim como amigo acima citou é possivel usar o do linux mas gera varios poup-up na tela e não da muita segurança, para ter o seu ssl é caro, mas varios host por dividir um ssl dele para com clientes tem preços bem em conta, compensa mais vc entrar em um desses host com ssl compartilhado a certificação é a mesma que se fosse um seu, a diferença é que fica em nome do seu host...