Você pode usar um script PHP, usar o PHPMyAdmin, ou simplesmente pegar a query que esta no .sql, e usar em mysql_query() (tomando cuidado com os ' " ´ para nao dar erros)

mysql tabela < script.sql
Se não errei na sintaxe é isso.
Mas terá que ter acesso ao mysql ou colocar algo no cron.

Uma saida seria usar um front-end como o phpmyadmin para web ou um software como o mysqlfront.

Boa sorte.

no shell

mysql -u "usuario" -p "banco_de_dados" < arquivo.sql

Se vc usa o phpMyAdmin, vá no menu Sql, e lá possui uma opção pra procurar um arquivo, onde vc indica o *.sql

Há uma outra opção que é o MYSQL Front... ele pode te ajudar a fazer esse serviço!

Este aplicativo é tão fácil de manuseiar que nem precisa explicar como faz. Dá uma pesquisada sobre ele.

Valeu!!