OK, antes de mais nada, vamos identificar nossos problemas.

1 - Tamanho do arquivo e grande demais para ser importado diretaente via POST
2 - O insert demora demais e mantem o processador no talo.

Ta, vamos resolver o problema 1.

a) Podemos pedir pro usuario quebrar o arquivo em pedacos de 8 mega (limite padrao de upload do PHP)
b) Podemos pedir pro usuario subir o arquivo via FTP em uma pasta especifica do servidor
c) Podemos reduzir o tamanho do arquivo comprimindo ele.

Vamos supor, que nosso usuario seja um "internauta" padrao. Nao sabe como fazer FTP, nao quer ter um programa extra instalado em sua maquina, e nao vai ficar quebrando um arquivo com 500k linhas em bloquinhos de 8 mega (ja que ele quase nao sabe o q e isso)

A opcao mais facil para ele, seria ZIPar o arquivo, conseguindo algo em torno de 90% de compressao, ou seja, o arquivo fica com ~10% do tamanho original.

As vantagens desta aplicacao sao claras, o arquivo fica menor (ou seja, economia de tempo e trafego web), quase todos os computadores tem um programa compativel com o ZIP, grande parte das instalacoes em web servers tambem tem um programa ZIP para abrir o arquivo.

OK, problema 1 resolvido, o cara sobe um ZIP pro site.
Mas isso gera um outro problema....