O SftpDrive é um software comercial (mas bem baratinho) que ajuda bastante quando você quer desenvolver do seu desktop Windows, mas precisa lidar com um servidor Linux para o local final do seu web site.

Você pode fazer o download de uma cópia de testes do SftpDrive gratuitamente da home page deles em http://www.sftpdrive.com/

Essa ferramenta vem me ajudando por quase um ano agora, e não seria tão produtivo sem ela.

Espero que seja útil para outras pessoas!