Você pode criar um administrador em sua máquina só para manter as pastas do Apache, isso geralmente é usado se você instala um sistema WEB no computador de um cliente e não quer disponibilizar os arquivos (htdocs), mas se vc quiser fazer isto para seu usuário mesmo, sem problemas.

1º Passo: se você já tem o Apache instalado em sua máquina desinstale-o. Agora vamos instalá-lo novamente, o detalhe é quando chega nesta tela:



Vamos mudar o diretório de instalação para:


Detalhe: "Xande" é o nome do meu usuario administrador do windows. Então ficaria assim:


Feito isso continue a instalação normalmente.

Se você Acessar "C:\Documents and Settings\seu usuario" irá encontrar a pasta Apache2 com todo seu conteúdo. Clique com o botão direito na pasta Apache2,vá em Compartilhameto e Segurança e Selecione "Tornar esta página Particular".

Pronto - somente este usuário do windows terá acesso as pastas e arquivos. Nos próximos passos iremos configurar os arquivos php.ini e httpd.conf