Antes de tudo, esse artigo não é baseado em nenhum autor, nem uma metodologia With A Complex English Name. Por minha experiência em ficar fuçando tudo quanto é sistema open-source, e em passar madrugadas a fio resolvendo problemas nos meus sistemas, principalmente aqueles em que eu via a mesma declaração em 500 partes diferentes, eu acabei desenvolvendo um método próprio de organização e estruturação dos arquivos e do código fonte. Talvez seja um tema já óbvio e que vocês estejam cansados de ouvir. Mas sempre tem algo novo a aprender. Ah, vale lembrar que o que mostro é válido tanto para sistemas quanto para sites (eu usarei a palavra sistema no decorrer do artigo, mas pense como: sistema = site, site = sistema).

Não basta aprender uma linguagem de programação e se tornar o mais especialista do mundo nela caso não se tenha noção de organização e estruturação do sistema. Que adianta saber escrever uma super-classe-fantástica, mas no final das contas você está perdido porque seu código está uma zona, você não sabe aonde incluir isso, aonde declarar aquilo e assim por diante.

Se eu for explicar tudo em um só artigo, vai ficar longo e cansativo, então está dividido da seguinte maneira:
Parte 1
1. Ordem e localização dos arquivos;
2. Nomenclatura dos arquivos;
3. Nomenclatura no código;
4. Estilo de codificação;

Parte 2
5. Separação da lógica do visual;
6. Ordem e local de inclusão de arquivos;
7. Ordem e local de criação de objetos;
8. Onde conectar com o banco de dados;
9. Separação de seções (módulos);

Parte 3
10. Como estruturar uma área administrativa (painel de controle);
11. Formulários: em que ordem e qual a lógica de obter dados, validar, retornar erro e depois salvar?
12. Estabilidade;