Suprimi as 4 primeiras linhas:

$cnpj = ereg_replace("0","0",$cnpj);
$cnpj = ereg_replace("/","",$cnpj);
$cnpj = ereg_replace("-","",$cnpj);
$cnpj = ereg_replace("\.","",$cnpj);

por: 

$cnpj = ereg_replace("[^0-9]","",$cnpj);

assim remove qualquer caracter que não seja número. =)