a primeira função que criei em javascript faz isso que vc precisa:
<script language=javascript>
function centro(p,n,l,a,v1,v2,v3,v4,v5,v6,v7,v8,v9){var l = l; var a = a; var t = (screen.height/2)-(a/2); var d = (screen.width/2)-(l/2);window.open(p,n,'width='+l+',height='+a+',top='+t+',left='+d+',scrollbars='+v1+',menubar='+v2+',directories='+v3+',location='+v4+',copyhistory='+v5+',status='+v6+',toolbar='+v7+',maximized='+v8+',resizable='+v9+'');}
</script>
<a href="centro('about:blank','nome_janela',300,200,'no','no','no','no','no','no','no','yes','no');">testar</a>
os dois valores numericos são largura e altura respectivamente.
vc pode passar parâmetros de configuração da da janela, são 9 ao todo, os valores são sempre yes, ou no
"about:blank" é só um teste, no lugar coloque o caminho da página que quer abrir
