PHP + Linux + Windows

Estou com o seguinte problema, eu tenho 1 servidor em casa, que é linux, e um notebook que eu levo pra cima e pra baixo com Windows. Esse linux roda um apache e em teoria era pra mostrar todos os sites e sistemas que eu faço por ele.

O problema é que, todo código desenvolvido em PHP que eu passo do windows para o linux (por meio de um HD externo atualmente) simplesmente dá erro e não funciona, no log do apache aparece algo como "não foi possivel encontrar arquivo index.php", mas, um index.html ou qualquer outro arquivo php desenvolvido direto no linux funciona normalmente ao que parece.

Existe alguma solução isso? Procurei na internet e vi algumas divergências de código entre php pra linux e windows mas quando eu mexia com hospedagem, eu enviava por ftp esses arquivos e eles funcionavam... tem alguma configuração do php ou do apache?

Linux: Ubuntu 12.4
Windows: windows 7

E aproveitando a deixa, eu não consigo acessar remotamente nenhuma pasta de dentro do meu /var/www, ele dá acesso negado, onde eu mudo isso no apache?

Obrigado :)

Creio que o problema seja de simples configuração do seu httpd.conf com relacao ao Document_root pois nao ha necessariamente diferencas de uso do apache em Linux e Windows, com exceção aos caminhos.

Em que sentido?

Bom, eu olhei aqui esse documento tá como padrão, eu nem mexi nele. Olhando na internet não achei grandes coisas