Sim. É possivel.
O problema é que o cron é agendado por usuário e talvez o usuário a qual está rodando o webserver não tenha as permissões necessárias para criar uma tarefa.
Isso é possível usando o suexec do apache.
Basta criar um arquivo dentro do diretorio
/var/spool/cron
com o nome do usuário
poderia ser algo assim
<?php
$comando = 'tar -cfZ teste.tar.gz arquivo1 arquivo2';
system('echo "$comando" > /var/spool/cron/${USER}');
?>
Mas como disse, precisa ter as devidas permissões.