olá
depende. qual a média de tamanho em kb (ou mb's) do seu arquivo de log?
os arquivos de logs dos nossos clientes dão mais de 2 mb diario, então eu fiz o php rodar em background, junto com uma função em shell no cron
pra segurança, eu aconselharia você deixar o script em uma pasta, fazer uma função em shell para determinado horário ele executar o script com o cron. pra mim é o modo mais seguro