Segue os passos para conseguir recuperar a senha do root.
* Encerre o processo do mysql (via serviços através de Iniciar->Executar->services.msc ou via Gerenciador de Tarefas matando o processo do mysql).
* Pelo prompt de comando navegue até o diretório bin do mysql e digite os seguintes comandos
\> echo UPDATE mysql.user SET Password=PASSWORD('NovaSenha') WHERE User='root'; FLUSH PRIVILEGES; > mysql-init.txt
\> mysqld-nt --init-file=mysql-init.txt
\> net start mysql
\> net stop mysql
\> del mysql-init.txt
\> net start mysql
Agora você já poderá conectar como root.