Não necessariamente. O GTK é apenas uma biblioteca de widgets, que são componentes gráficos para se construir a interface de uma aplicação. O Gnome por exemplo, é todo feito com GTK2 e C ou C++ (não lembro direito agora); nesse caso, o GTK foi usado pra construir toda a parte visual, e o C para fazer a coisa funcionar.
É possível utilizar o GTK para a construção de aplicações em Ruby, Python, PHP e outras linguagens. No caso do PHP-GTK, a parte funcional e de tratamento das informações é toda feita via PHP o e visual todo em GTK no lugar do HTML.
Imagine que o GTK subistitua o HTML e aquilo que o JavaScript fazia agora o PHP faz... Essa é a essência básica da coisa.
Com relação à proteção do código, existem ferramentas que "compilam" o PHP... Por exemplo o Priado Blender que gera um executável da sua aplicação...
Enfim... mais ou menos isso.
Mais informações em www.php-gtk.com.br
Abraços!!
dnfeitosa
