auto_prepend_file = /path/to/micro_start.php
auto_append_file = /path/to/micro_end.php

<?php
function getmicrotime(){ 
    list($usec, $sec) = explode(" ",microtime()); 
    return ((float)$usec + (float)$sec); 
} 

$micro_time_start = getmicrotime();
?>

<?php
$micro_time_end = getmicrotime();
$time = $micro_time_end - $micro_time_start;
// Em comentário para ter certeza que não irá afetar o layout da página!
echo "<!-- Script executado em $time segundos! -->";
?>