Bom ate agora, eu nao falei de processo em background, nem dei a solucao para o problema.
Chegou a hora de resolver tudo em uma so tacada.

Como vimos, embora o PHP faca milagres, alguns milagres sao demais ate pra ele.

Como resolver isso da forma menos prejudicial a todos? Background scripts!

Por se tratar de texto e grandes volumes, optei por utilizar um script em Perl e um Shell para resolver minha vida, mas ele pode ser facilmente substituido por uma versao CGI do PHP ou qualquer outra linguagem de sua preferencia.

Vamos resolver cada problema com base nas solucoes anteriores....

1 - Arquivo Zipado
Usando um shell script (vc pode usar outros programas, mas optei por facilirar as coisas) abro o arquivo Zip usando um programa "unzip" dentro de uma pasta temporaria.
2 - Inserindo em Banco
Este mesmo shell, na sequencia, dispara um PERL que por sua vez, le todos os arquivos texto dentro daquele diretorio, inserindo de forma identica ao discutido com PHP (usando o usleep).
Este arquivo perl tambem atualiza um arquivo "txt" em uma pasta do servidor onde eu tenho acesso via PHP que me diz o status do insert.
(numero de linhas inseridas, % completo, ou o que lhe for mais conveniente)

Uma vez concluida a operacao, o arquivo txt e apagado desta pasta.